1. Il Parco, alla cui gestione provvede un'apposita fondazione costituita ai sensi del regolamento di cui al decreto del Ministro per i beni e le attività culturali 27 novembre 2001, n. 491, è posto sotto la vigilanza dei Ministero per i beni e le attività culturali.
2. Alla fondazione, oltre al Ministero per i beni e le attività culturali e al Ministero dell'ambiente e della tutela del territorio e del mare, possono partecipare le regioni Lazio, Umbria, Marche ed Emilia-Romagna, le province di Roma, Viterbo, Terni, Perugia, Pesaro e Urbino, Rimini e i comuni attraversati dalla via Flaminia, nonché università, fondazioni bancarie, altri soggetti pubblici e privati e rappresentanti delle soprintendenze competenti per i beni archeologici dei territori interessati.
3. Il direttore del Parco è nominato dall'organo con funzioni di indirizzo della fondazione.
4. Per la gestione del Parco, alla fondazione sono attribuiti i seguenti compiti:
a) ricognizione, scavo, restauro e risanamento conservativo, manutenzione e conservazione di immobili di interesse archeologico e storico-artistico di proprietà pubblica, privata e di enti morali, ai fini
b) acquisizione di beni immobili di valore archeologico e storico-artistico al patrimonio degli enti pubblici;
c) recupero dell'antico tracciato e sua interconnessione con le infrastrutture per la mobilità esistenti allo scopo di migliorarne la percorribilità anche a fini escursionistici;
d) adeguamento della ricettività turistica con priorità agli interventi di recupero dei manufatti di interesse storico-architettonico e dei beni storico-testimoniali esistenti;
e) creazione di servizi di accoglienza, ivi compresa la ristorazione, e complementari alla ricettività turistica, con priorità per gli interventi di recupero per manufatti esistenti di interesse storico-architettonico, storico-testimoniale, agricolo o ambientale;
f) interventi in parchi naturali, oasi e aree protette, finalizzati alla valorizzazione delle zone che possono essere utilizzate per il miglioramento delle qualità paesaggistiche, della qualità ambientale del territorio e per la fruizione turistica, anche attraverso l'acquisizione di aree;
g) tutela e salvaguardia del paesaggio, anche mediante interventi di architettura del paesaggio, nonché recupero delle aree degradate collegate al percorso e alla viabilità ad esso afferente attraverso il recupero della produzione agricola di qualità e biologica.